Его возникновение связывается с именем англиканского проповедника Джона Смита (ок. 1570 — 1612), присоединившегося к так называемым индепендентам или конгрегационалистам — одним из многочисленных пуританских движений, выступавших за продолжение реформации и более последовательное очищение (лат. puritas — "чистота") Церкви от "остатков католичества".

Конгрегационалисты стремились к независимости каждой поместной общины (конгрегации) и отрицали церковную иерархию. Вскоре после вступления в общину в своём родном городе Гейнсборо Смит становится её пастором, а его помощником — Томас Хэлвис. Из-за религиозных преследований конгрегационалисты были вынуждены искать убежища в Голландии, где и обосновалась община Смита.

В Амстердаме Смит вступает в тесную связь с голландскими меннонитами — последователям бывшего католического священника Менно Симонса (1496-1561), ранее называвшихся анабаптистами, т.е. перекрещенцами — и под их влиянием приходит к убеждению о недопустимости крещения младенцев. Вскоре, вместе с большинством своих последователей, Смит принимает решение присоединиться к меннонитам. Однако Хэлвис, осознавая различия в исповедании (в частности, меннониты не допускали для своих последователей военной и государственной службы и принятия присяги), в 1612 году с маленькой группой из десяти человек возвращается в Англию, и в этом же году в Лондоне возникает первая баптистская община.

Как Смит, так и Хэлвис изложили баптистские взгляды в своих работах, где обосновывали необходимость покаяния и личной веры в Христа для принадлежности к Церкви. Отмечалось и важность сознательного крещения по вере, а также они отстаивали принцип религиозной свободы и невмешательства государства в вопросы веры.

Несмотря на преследования, продолжавшиеся вплоть до 1689 года, когда был принят "Акт о веротерпимости", к 1644 г. в Англии действовало уже сорок шесть "общих" и семь "частных" или "партикулярных" баптистских общин. Разница между ними была в том, что "общие" утверждали, Иисус Христос умер за грехи всего человечества, а "частные" считали, что искупительная жертва предназначалась лишь для спасения избранных Богом людей.

В 1609 году группа христиан из Англии, перебравшаяся в Амстердам, сформулировала вероучительные принципы баптизма.

Во время Английской буржуазной революции баптисты активно поддерживали пуританина Оливера Кромвеля, в котором они видели сторонника религиозных и политических свобод, и многие из них достигли высокого положения на военных и государственных должностях, однако вскоре они выступили против диктатуры лорда-протектора и были смещены со всех постов.

Часть баптистов эмигрировала из Англии в Новый Свет, и в 1639 г. Роджер Уильямс основал в штате Род-Айленд первую общину. Со временем баптизм получил в США широкое распространение и сейчас является одной из крупнейших и влиятельных протестантских конфессий, насчитывающей свыше 20 миллионов верующих.

В России первые евангельско-баптистские общины возникли во второй половине XIX века в результате духовного пробуждения на юге Украины (среди немцев-колонистов), в Закавказье, в Таврической губернии, а также в Петербурге под влиянием проповедей англичанина лорда Редстока в среде аристократии.

После того, как обер-прокурором Священного Синода стал К.П.Победоносцев, он поставил цель "переломить хребет русскому баптизму, штундизму и "редстокизму" ("пашковщине")". Гонения продолжались с перерывами вплоть до 1917 г., а затем вновь возобновились уже при Советской власти начиная с конца 20-х гг и продолжались вплоть до "перестройки".

В настоящее время большинство баптистских общин в России объединены в Российский Союз евангельских христиан-баптистов, насчитывающий около 80 тыс. членов.

Баптисты придерживаются основных положений протестантизма: триединство Бога, божественность Иисуса Христа, Его искупительная смерть и воскресение, спасение по вере, всеобщее священство верующих. Единственным авторитетом в вопросах вероучения признаётся Священное Писание. Крещение и причащение (называемое хлебопреломлением или вечерей Господней) считаются не таинствами, а обрядами.

Главным отличием баптизма от других протестантских конфессий является крещение по вере в сознательном возрасте через погружение, а также учение о необходимости обращения или рождения свыше.

Перед крещением, как правило, проводится беседы с кандидатом. Общины баптистов в основном самостоятельны и независимы, отсутствует иерархия и единый центр. В то же время большинство общин объединены в Союзы и Ассоциации (как правило, по территориальному признаку) для координации совместной миссионерской, благотворительной или просветительской работы.

Священнослужители (пресвитеры или пасторы и диаконы) избираются общиной и не считаются посредниками между верующими и Богом. Обрядность сведена к минимуму, форма богослужений является произвольной и состоит из одной или нескольких проповедей (проповедовать могут не только священнослужители, но и рядовые члены общины), пения гимнов и молитв. Большое внимание у баптистов уделяется практической стороне христианской жизни, которая признаётся неотделимой от исповедания веры.