Решение установить дипломатические отношения и обменяться послами было принято после встречи папы Бенедикта XVI с малайзийским премьер-министром Наджибом Разаком. Переговоры между двумя государствами были долгими и непростыми.

Визит Наджиба Разака в Ватикан был призван успокоить живущих в Малайзии христиан, которые составляют в 9% от всего населения страны и которые давно жалуются на дискриминацию. Конституция Малайзии обещает свободу представителям всех религий, но в последние годы целый ряд споров и конфликтов зародил страх у представителей религиозных меньшинств. К примеру, в 2009 году власти Малайзии попытались запретить христианам пользоваться словом "аллах" при обращении к богу на малайзийском языке несмотря на то, что лидеры христианской общины пытались объяснить, что это слово используется в их библии уже много десятилетий.

Конфликт привел к поджогам христианским церквей и ответному осквернению мечетей, на порогах которых часто находили головы свиней.

Не довольны своим положением и представители других религий. Не случайно, религиозные меньшинства, христиане, буддисты и индуисты, в 2008 году голосовали против правительства.

В совместном заявлении Бенедикта XVI и Наджиба Разака говорится, что переговоры прошли в теплой атмосфере. На них обсуждалось положительное развитие двусторонних отношений, подчеркивалась важность культурного и религиозного диалога и было подписано соглашение об установлении дипломатических отношений между Святым Престолом и Малайзией.