Казахстан является одним из ближайших союзников России на постсоветском пространстве, его президент Н. Назарбаев вместе с Путиным стоял у истоков Таможенного союза. Поэтому настоящим сюрприз стало следующее заявление главы Национального космического агентства Казахстана Мусабаева, сделанное им в парламенте в рамках «правительственного часа»:  »Сейчас обсуждается возможность отхода от арендных отношений по городу Байконур, который может быть передан под юрисдикцию Казахстана». В то же время он подчеркнул, что прекратить аренду одним махом невозможно, поэтому это будет происходить поэтапно, и первым этапом может стать вывод из российской юрисдикции пусковой площадки комплекса «Зенит» и города Байконура.

Так глава МИД Казахстана Е. Идрисов отметил, что «никакого скандала, никакой сенсации нет», а СМИ исказили слова руководителя «Казкосмоса». По его словам, было бы неразумно упускать возможность тесного сотрудничества с такой мощной космической державой как Россия, тем более что лидеры двух государств «имеют полное понимание важности сохранения Байконура как символа успешного двустороннего взаимодействия». При этом Е. Идрисов подчеркнул, что «Казахстан рассчитывает на расширение своего участия в космической деятельности космодрома Байконур, качественное развитие своего собственного космического потенциала». Его российский коллега С. Лавров в свою очередь заявил, что дискуссия вокруг Байконура носит исключительно рабочий характер. «Президенты понимают необходимость урегулирования всех подобных ситуаций, и уже было принято решение о создании специальной межправительственной комиссии по комплексу Байконур. [...] Мы условились исходить из необходимости продолжения конструктивной работы по комплексу вопросов, связанных с использованием космодрома, руководствуясь поручениями президентов и теми решениями, которые совместно вырабатываются на уровне правительств и космических агентств», - резюмировал глава МИД России.

Казахстан понимает, что резко взять под свой контроль комплекс Байконур ему попросту невыгодно. Во-первых, доля местного населения, которая имеет хоть какое-то отношение к космической отрасли, уже упала в городе до 20 процентов. Если комплекс станет казахстанским, кто на нем будет работать после отъезда российских специалистов? Ожидать, что на их место с радостью придут иностранцы, не стоит. Во-вторых, на содержание города Байконура Россия ежегодно тратит 1,16 млрд. рублей (около 29 млн. евро). Вряд ли эти деньги хотят платить власти Казахстана. В-третьих, Москву можно было бы шантажировать, если бы у нее не было альтернативы, а альтернатива у нее есть: в 2012 г. на Дальнем Востоке в Амурской области началось строительство космодрома «Восточный», уже не говоря о «Плесецке».

Наглядным примером в данном случае может послужить история с планами по совместному строительству космического ракетного комплекса «Байтерек». Принципиальное соглашение на этот счет было достигнуто еще в 2004 г., но переговоры вяло продолжаются до сих пор. Комплекс предназначен для коммерческого применения ракет-носителей «Ангара», а стоимость проекта ранее оценивалась в 1,6 млрд. долларов, которые стороны должны были выделить на паритетной основе. Только вот российская сторона предлагает построить площадку под ракету-носитель легкого класса, а казахстанская – тяжелого: в Астане полагают, что ракеты легкого класса не решают стоящих перед Казахстаном задач развития космической промышленности. Нюанс в том, что Россия может построить стартовый комплекс для «Ангары» на космодроме «Восточный» и не горит желанием финансировать казахстанские космические амбиции без выгоды для себя. Возможно поэтому в Астане решили надавить на Москву, намекнув на принадлежность Байконура.

Разрешилась проблема в ходе встречи президентов двух стран, которая состоялась в начале февраля 2013 г. По условиям достигнутой договоренности, в ответ на вывод объектов космодрома из аренды России и обучение на нем казахстанских специалистов, Казахстан не будет препятствовать запускам с Байконура ракет-носителей «Протон». Первым из аренды может быть выведен пусковой комплекс для ракет-носителей «Зенит». Впоследствии взаимодействие России и Казахстана по нему будет расширено. В частности, казахстанские специалисты будут участвовать в подготовке и осуществлении старта ракет и наравне нести издержки по содержанию комплекса. В марте 2013 г. должно состояться заседание межправительственной комиссии, которая детальнее рассмотрит варианты дальнейшего российско-казахстанского сотрудничества по Байконуру. В перспективе планируется подписать новое соглашение об его использовании, которое заменит действующий сейчас договор об аренде космодрома до 2050 г.